Kazuki Nakajima y Brendon Hartley le dieron la pole al Toyota #8 en Fuji, donde el otro auto del equipo japonés, donde conduce José María López, fue segundo. Se sigue penalizando en cuanto a rendimiento a los Toyota, pero continúan amasando poles y victorias. Eso sí, al limitar un poco más las prestaciones al auto ganador de la anterior carrera, la poca lucha mano a mano desaparece.

Y eso es lo que le pasó al Toyota #7, que tenía menos prestaciones que su auto hermano. Kazuki Nakajima le sacó ocho décimas a José María López. Luego, entre Brendon Hartley y Kamui Kobayashi fue una décima favorable al británico, lo que certificó la pole para el #8 incluso antes de que se le anulara el tiempo al japonés, lo que le obligó a dar otra vuelta presionado quedándose a seis décimas de su compañero y rival.

Mientras el Toyota que consiguió la pole no tenía problemas, en el #7 había cierta angustia. El Rebellion fue el mejor del resto entre los LMP1, quedándose a tres décimas del tiempo medio de Toyota #7 y con una buena ventaja sobre el Ginetta del LNT con Gregor Orudzhev y Ben Hanley, que completaron la segunda fila.

Entre los LMP2 los Jota de Jackie Chan dominaron desde el principio. La pole era Gabriel Aubry y Ho Pin Tung. El auto gemelo se colocaba segundo con Anthony Davidson y el mexicano Roberto González, pero en los últimos momentos de la sesión Filipe Albuquerque bajó su tiempo para poner al United Autosports en segunda posición.

En GTE Pro el Porsche #91 remontó al final para hacerse con la pole. Aston Martin y Ferrari se colocaron en cabeza, con Nicki Thiim en el auto británico y Pier Guidi en el italiano. En tercera posición estaba el Porsche #91 tras el intento de Gianmaria Bruni, a una décima y media, pero en los intentos de los segundos pilotos la clasificación dio un vuelco.

La pole parecía para el Aston Martin tras la vuelta de James Calado, pero su tiempo fue anulado por sobrepasar los límites de la pista. En ese momento Richard Lietz casi clavaba el tiempo de su compañero y se colocaban en cabeza con 47 milésimas sobre el Ferrari. Miguel Molina y Davide Rigon eran cuartos a cuatro décimas de la pole.

Entre los GTE Am la pole fue para el Porsche de Felipe Fraga y Ben Keating, batiendo al Aston Martin de Jonny Adam y Salih Yoluc. Pero una penalización en las verificaciones, el sistema de apertura de las puertas no estaba homologado, dejaba al Aston Martin con la pole de la categoría.